要在线缴纳科目二的补考费，您可以按照以下步骤操作：
1. 下载并安装12123交管APP，并使用您的身份证号码和预约密码登录。
2. 登录后，点击APP首页的“更多”选项。
3. 在弹出的菜单中找到“驾驶证业务”版块，并点击“考试费缴纳”。
4. 在缴费页面中，选择“道路驾驶技能补考费用”或相应的补考项目。
5. 核对订单信息，确认无误后，选择您的支付方式（如信用卡、支付宝或微信支付等）。
6. 点击“确认付款”，完成支付操作。
7. 支付完成后，及时查看缴纳结果，并打印补考费缴费凭证。
请注意，具体操作可能会因地区和平台略有差异，建议根据当地交通管理局的指引进行操作。