扣工资差额的原因主要涉及以下几个方面：
当用人单位未与劳动者签订书面劳动合同超过一个月时，根据相关法律规定，用人单位需要支付给劳动者双倍工资的差额。例如，员工在试用期后15日转正，该月前15天应按试用期工资计算，后15天按转正后工资计算。如果该月工资基数是按转正后工资计算，则需扣除前15天试用期工资差额，以确保员工在不同工作阶段的薪酬公正。
用人单位可以代扣代缴一些应由劳动者个人负担的费用，如个人所得税、社会保险费用及公积金等。此外，根据法院裁判，如果需要代扣抚养费、赡养费、扶养费等，也可以从劳动者工资中扣除。
在计算差额工资时，还需要考虑其他可能影响最终工资的因素，如各种补贴、奖金或扣除项等。
依法签订的劳动合同中可能有明确规定可以从劳动者工资中扣除的条款。此外，用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中也可能有明确的扣除规定。
当企业工资总额与经济效益相联系，且经济效益下浮时，工资也必须相应下浮。
劳动者因请事假等原因也会相应减少工资。
综上所述，扣工资差额的原因多种多样，主要目的是为了保障劳动者的合法权益、确保薪酬公正、代扣代缴相关费用以及遵守法律和公司规定。用人单位在扣减工资时，应遵循相关法律法规，并与劳动者进行充分沟通，确保扣减的合理性和透明度。