在南京办理门特（门诊特殊病）的流程通常包括以下几个步骤：
患有门特病种的参保人，在有认定资质的定点医疗机构，向有认定资质的医师提出门特病种认定申请。
认定医师为参保人确诊后，填写《南京市职工/居民基本医疗保险参保人门诊特殊病认定表》。
参保人将《南京市职工/居民基本医疗保险参保人门诊特殊病认定表》、疾病诊断证明、相关检查报告、病历等能够表明疾病情况的材料提交医疗机构医保办。
认定医疗机构医保办对病种认定情况进行审核，将审核通过后的参保人门特病种信息录入医保系统。
参保人可选择3家定点医疗机构及1家定点零售药店作为本人门特病种待遇享受定点医药机构。
异地就医参保人可通过线上渠道进行办理，例如进入“南京医保”微信公众号或“我的南京”APP进行相关业务办理。
关注并打开“南京医保”微信公众号—点击“服务大厅”—找到“查询服务”—点击“参保人病种登记查询”，即可查询本人已登记的门特病种及本人门特定点医药机构。
请注意，不同地区的门特办理流程可能会有所差异，具体流程和所需材料请以南京市医疗保障局发布的最新信息为准。