药房目前由 市场监管局进行管理。在机构改革之前，药房归食品药品监督管理局管理，但随后整合到了工商局，成立了新的市场监管局，负责包括药房在内的各类市场监管工作。此外，国家药品监督管理局和省级药品监督管理部门分别负责药品研制、生产、批发、零售等环节的监管，而市县两级市场监督管理部门则负责药品零售、医疗器械经营的许可、检查和处罚等工作。
综上所述，药房的管理涉及多个层级和部门的协同工作，确保药品的安全、有效和合规销售。
