公司选择在深圳缴纳社会保险的原因主要包括：
深圳的社保缴费基数相对较低，企业缴纳的费用相对较少，这有助于减轻企业的财务负担。
深圳作为经济特区，政策较为灵活，社保缴费基数和比例可以调整，这为企业节省成本提供了可能。
在深圳注册公司可能享有税收优惠，这对企业来说是一个额外的吸引因素。
深圳申请注册公司相对方便，且社保缴纳的管理要求不高，这便于企业进行社保操作。
按时足额缴纳社保可以提升企业的社会责任感和形象，有助于吸引和保留人才，增强企业的竞争力。
根据《中华人民共和国社会保险法》和深圳市的相关规定，企业有义务为员工缴纳社会保险，这是法律要求。
缴纳社会保险可以保障员工在养老、医疗、失业、工伤和生育等方面的基本权益，提高员工的社会安全感和福利待遇。
需要注意的是，虽然深圳的社保缴费基数较低，可能会影响员工退休后领取的养老金水平，但企业选择在哪里缴纳社保时，通常会综合考虑多方面的因素。