锦衣卫最初是由朱元璋设立的，起初是作为皇帝的仪仗队和皇帝的贴身保镖来使用的，但是到了朱元璋晚年，开始不信任身边一起打天下的开国功臣，他隐隐觉得有一些功臣在觊觎皇位，朱元璋渐渐地开始不信任这些功勋卓著的老臣。再加上老年丧子，对朱元璋的打击非常地大。
太子朱标的突然病逝，完全打乱了朱元璋的计划，朱元璋不得不重新立了皇太孙朱允炆为储君。我们知道朱允炆一直在温室中长大，性格柔弱，朱元璋担心自己的皇太孙压制不住这些功高震主的老臣，所以朱元璋更加对这些老臣不信任。
在这样的背景之下朱元璋决定组建了一支只听命于自己的队伍，那就是锦衣卫，锦衣卫的成员都是皇帝自己挑选的亲信人员。朱元璋以这种方式来加强中央集权，所以他给了锦衣卫掌管刑狱、巡察缉捕的权力，成为明朝专有的军政搜集情报机构，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。
锦衣卫身着飞鱼服，腰佩绣春刀。盛时期在籍人数超过6万，设正三品指挥使一人，从三品指挥同知二人，正四品指挥佥事二人，从四品镇抚使二人，正五品十四所千户十四人，这些是中高层领导；底下的基层官员包括副千户、百户、试百户、总旗、小旗等，人数不固定。
锦衣卫在成立以后参加了很多的大型案件，比如我们熟悉的胡惟庸案、蓝玉案、郭恒案等，可以说锦衣卫就是朱元璋的一把屠刀，将大明的开国功臣被杀之殆尽。
由于锦衣卫大兴刑法，刑罚过于严酷并且权力太大，所以朱元璋在洪武二十年将锦衣卫废除。明成祖朱棣，为了坐稳皇位、压制大臣，恢复了锦衣卫的权力。朱棣之后锦衣卫的权力还在逐渐增大，到了嘉靖时期，锦衣卫的权力到达巅峰。正德初期，由于太监刘瑾的权势，锦衣卫被迫依附东厂。万历时期，锦衣卫彻底成为东厂的附庸品。
东厂是由明成祖朱棣设立的。朱棣在靖难之役中用武力非法推翻了建文帝政权。正所谓名不正则言不顺，当时许多人对永乐政权的合法性表示异议。由于建文帝未死的流言不时出现，所以朱棣对朝廷中的很多大臣都不太信任。这种对建文旧臣的不信任，自如包括对锦衣卫的不信任，于是他决定建立一个新的机构-东厂。
朱棣设立东厂就是为了制衡锦衣卫，东厂的主要成员都是朱棣亲信太监。我们知道朱元璋借鉴历史的经验是有明令禁止过太监干政。朱棣设立东厂，则是把太监干政带上了历史舞台，也为明朝后期的宦官乱政埋下了祸根。
东厂主要做的事情不仅仅是监察官吏，收集军事情报，而且还会插手很多其他事情。由于朱棣给东厂赋予的权力比锦衣卫大，他们可以随时缉拿臣民，私自使用酷刑，很多时候是屈打成招，由此造成了很多的冤假错案。特别是在明朝中后期极其让人反感。
西厂的成立是非常偶然的，成化十二年，京城内出现了“妖狐夜出”的神秘案件，接着又有一个叫做李子龙的道士以妖法蛊惑了某些朝廷宦官的人心，使之成为亲信。在亲信的帮助之下，李子龙潜入内宫，意欲弑君，被锦衣卫校尉发现，将其正法。
明宪宗朱见深得知此事后，觉得到皇宫处处都布满危险，为了避免类似的事再次发生。朱见深十分想了解宫外臣民的动向，于是令自己的亲信宦官汪直选人乔装成平民出宫伺察。汪直利用了这个机会，胡编乱造了不少所谓的“秘密消息”上报给宪宗。宪宗认为这些消息很有价值，就让汪直成立了西厂继续把伺察工作做下去。
西厂成立，本来只是为了替皇帝刺探消息，但汪直为了升官发财，没少干坏事，他利用皇帝对他的信任，往往是把案件弄得越大越好。对于官员，一旦怀疑某人，就立刻加以逮捕，然后严刑逼供，屈打成招。对于百姓，只要一言一行只要稍有不慎，就会被西厂以妖言罪从重处置。西厂刚成立5个月，就弄得朝野上下人心惶惶。满朝文武忍不下去了纷纷上书，要求宪宗革除西厂，废除汪直。
宪宗被迫取消西厂，但没有西厂的日子总让宪宗觉得没有安全感。奸臣戴缙在得知皇帝的不安心理之后，主动上书，大肆吹捧汪直。宪宗也有此意，所以又恢复西厂。
汪直复出后，更是变本加厉。在此后的五年里，汪直领导西厂又办下了无数“大案”，他利用职务之便，公报私仇，排除异己，陷害忠良，使得朝廷上下人人自危。他的权势也随之达到了顶峰。俗话说得好，“物极必反”，汪直迅速膨胀的权力也引起皇帝的察觉，最终宪宗将汪直调出京城，西厂也随之解散。
除了锦衣卫，东厂和西厂这三个特务组织，明朝其实还有一个更为神秘且恐怖的组织，而且这个组织的权力还远在前三个机构之上，这个组织是内行厂。
内行厂出现在明武宗朱厚照时期。明武宗时期，马永成掌管东厂，谷大用掌管西厂。身为皇帝身边的红人太监刘瑾素来与他们二人不和，刘瑾为了自己专权与其二人对抗，刘瑾想让明武宗成立另一个机构，名叫内行厂。这个内行厂可不得了，直接监视官民和厂卫。显而易见这里提到的厂卫，就是指东西两厂和锦衣卫。可见内行厂凌驾在锦衣卫，东厂和西厂这三个组织之上。
刘瑾此人十分狠毒，与东厂、西厂和锦衣卫不和，刘瑾开始扩充自己的势力，同时疯狂地打压东西厂，内行厂一时间成为让人恐怖的组织。据说，当时大臣见到刘瑾必须先下跪行礼，不然很有可能被编造个罪名杀害。正德五年，刘瑾倒台，明武宗下令撤销西厂和内行厂。虽然内行厂仅存在五年，但却残害了不少忠良。