盖羊圈需要办理的手续包括：
确定计划选址位置是否是禁养区域。
确定新建养殖场具体位置，向当地镇府提出申请。
自然规划局确定选址位置是否允许建养殖场。
向当地镇府提出土地承包申请。
签订土地承包合同并缴纳承包费用。
准备农用设施用地备案相关资料并办理备案手续。
环评备案。
养殖防疫条件合格证备案。
到当地畜牧局或者农业局提出申请，具体申请流程当地应该都有详细规定，地区不同，具体步骤不同。
国土部门进行土地使用申报，以及涉及其他新建建筑的审批。
国土部门批复的文件，再递交畜牧局。
畜牧局联合国土部门，环保部，防疫部门等一起实地考察审批。
考察通过即下发养殖证，不通过则再次进行审批申报。
如果是自己养自己吃，无须办理，如果是用来出售，就需要办理许可证和营业执照。
按照地方政府批准的征地补偿方案补偿。
拆迁主题不同，补偿也有所不同，村里拆迁，各个地方不同，建议参看村里的文件，如是国家补偿，也有相应补偿标准，但补偿对象应当是村。
建议您根据当地的具体规定和流程，逐步办理这些手续，以确保羊圈的合法建设和运营。