当收银员发现短款时，应该按照以下步骤进行处理：
确保所有销售都已正确记录，检查每个销售记录的商品数量和价格是否正确。
核对库存记录，确保库存数量与销售记录相符。如果发现不匹配，需要调查原因。
确保收银机正常运行，没有故障或错误。如果发现异常，应及时报修。
如果发现长款，应尽快联系客户，确认是否需要退回多余的款项。对于短款，也应联系可能涉及到的顾客进行确认。
记录所有缺失或多余的资金，并填写“长短款调整表”，提交给上级管理人员。表格应详细记录时间、金额、出现位置、收银员和顾客等信息。
上级管理人员应进行调查，找出导致长短款的具体原因，并采取措施防止再次发生。
如果短款是由于收银员的错误导致的，那么他们应该接受相关培训，以避免再次犯同样的错误。
根据公司规定，收银员短款超过一定金额后，需要全额赔偿。具体金额和赔偿方式应参照公司相关政策。
将长短款情况报告给财务部门，并按照财务流程进行调账处理。长款应记入“营业外收入”，短款由责任人赔偿后记入“其他应收款”。
遵守公司的现金管理规定，确保每日收入的现金与单据相符，不得随意挪用或抵库。
通过以上步骤，收银员可以妥善处理短款问题，并采取措施防止类似问题再次发生。