收购凭证的抵扣方法如下：
从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额，可以从销项税额中抵扣。
从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，可以从销项税额中抵扣。
购进农产品时，除了取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，还可以按照农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和规定的扣除率计算进项税额。
扣除率通常为9%，但如果购进的农产品用于生产13%税率的货物，在领用当期可以加计扣除10%的进项税，即实际扣除率为10%。
计算公式为：进项税额 = 买价 × 扣除率。
从境外单位或个人购进劳务、服务、无形资产或境内不动产时，从税务机关或扣缴义务人取得的代扣代缴的完税凭证上注明的增值税额，可以从销项税额中抵扣。
小规模纳税人取得的增值税专用发票，可以按照增值税上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
农产品销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率也可以用于计算进项税额。
请注意，抵扣进项税额时，需要确保有相应的合同、付款证明和其他必要的税务文件，以证明交易的合法性和真实性。