企业进行资产评估时，应当选择以下部门或机构：
国有资产监督管理机构负责其所出资企业的国有资产评估监管工作，包括核准和备案资产评估项目。
对于经各级人民政府批准的经济行为涉及的资产评估项目，由相应级别的国有资产监督管理机构负责核准。
对于经国务院国有资产监督管理机构批准的经济行为涉及的资产评估项目，由国务院国有资产监督管理机构负责备案；经中央企业及其各级子企业批准的经济行为涉及的资产评估项目，由中央企业负责备案。
企业可以聘请专业的资产评估机构进行资产评估。这些机构需要具备相应的评估资质和专业特长，并且应当遵循相关评估准则和规定。
大型会计师事务所通常设有专业的评估团队，能够提供企业整体资产评估服务。这些团队可能包括注册会计师、评估师和其他专业人员。
独立的专业评估师也可以提供企业整体资产评估服务。他们通常具备丰富的评估经验和专业知识。
中国资产评估协会、房地产估价师协会、土地估价师协会等行业协会负责管理和监督评估行业，提供评估标准和指导。
财政部门负责对全国资产评估行业进行监督管理，包括制定监督管理办法和资产评估基本准则，指导和督促地方财政部门实施监督管理。
建议
对于国有企业：应当首先向国有资产监督管理机构报告资产评估项目，并按照相关规定进行核准或备案。
对于非国有企业：可以根据具体情况选择合适的评估机构或评估师进行资产评估，并确保评估结果的公正性和合法性。
通过以上步骤和机构的选择，企业可以确保资产评估工作的规范性和有效性，维护各方合法权益。