工程企业在结算工程款项时需要缴纳的税种主要包括：
根据工程类型和纳税人类型（一般纳税人或小规模纳税人），增值税的税率可能为3%、6%、9%或减按1%征收。
根据缴纳的增值税额计算，税率依据工程所在地的城市级别不同而不同，通常市区为7%，县城、镇为5%，其他地区为1%。
通常按照增值税的一定比例缴纳，比例大约为3%。
同样基于增值税额，比例可能为2%左右。
按照建筑安装工程承包合同金额的0.3‰计算缴纳。
根据工程结算款计算缴纳，税率为1%。
根据企业年度利润计算缴纳，一般企业所得税率为25%，对于符合条件的小微企业，可能会有税收优惠。
请注意，税法规定可能会有更新，具体税率和计算方法应以最新的税法规定和地方税务机关的规定为准。