生育津贴的扣除主要涉及以下几个方面：
如果员工在产假期间单位正常发放了工资，单位有权扣除已发放的工资部分，将剩余部分发放给员工。这是因为生育津贴是对女职工生育期间工资收入的一种补偿，如果单位已经提前支付了工资，就可以进行相应的扣除操作。
生育津贴到账后，单位需要扣除代垫的个人应负担的社保和公积金。具体操作是，收到生育津贴时，计入其他应付款，然后扣除代垫的个人社保和公积金，将剩余部分支付给员工。
生育津贴算作个人收入，单位需要根据国家规定为员工代扣个人所得税，并按照相关法规进行缴纳。
根据当地政策和公司制定的规定，可能还需要从生育津贴中扣除其他福利扣款，例如公积金、住房公积金等。
生育津贴的计算方式通常为用人单位上年度职工月平均工资除以30天，再乘以规定的假期天数。如果社保局按照单位申报的全员平均工资报销发放的金额高于职工实际工资，则差额归个人所有；如果报销金额低于职工实际工资，则用人单位需补齐差额后发给职工。
如果单位没有交社保，产假期间公司应当按正常出勤发放工资。此外，如果企业为职工缴纳的生育保险费基数低于女职工上年度平均工资收入，那么将导致女职工领取的生育津贴低于其正常出勤期间的工资，企业需要予以差额补足。
综上所述，生育津贴的扣除主要包括单位已发放工资的扣除、代垫的个人社保和公积金、个人所得税、其他福利扣款，以及根据生育津贴计算方式得出的差额部分。具体操作时，单位应严格按照相关规定进行，确保女职工的合法权益得到合理保障。