指纹采集机构主要有以下几种：
派出所户籍室：办理身份证时必须采集指纹，有些情况下法院和检察院也会对个别人采集指纹。
刑事科学技术鉴定中心：如广州市公安局刑事科学技术鉴定中心，提供指纹采集和鉴定服务。
司法鉴定科学技术研究所：例如上海司法鉴定科学技术研究所司法鉴定中心，提供指纹鉴定服务，并符合FBI要求的FD-258指纹卡标准。
民生物证科学司法鉴定所：如北京民生物证科学司法鉴定所，也提供指纹鉴定服务。
提供指纹鉴定服务的商业化私人实验室，可能位于城市中，提供上门服务或邮寄样本的方式进行鉴定。
建议
办理身份证：在办理身份证时，可以直接在当地的派出所户籍室采集指纹。
刑事案件：在刑事案件中，公安机关的法医或鉴定机关会主动采集指纹进行鉴定。
民事纠纷：若涉及民事纠纷，可以申请管辖法院委托相应的司法鉴定机关进行指纹鉴定。
国外需求：若需在国外使用指纹，例如申请加拿大无犯罪证明，可以在国内指定的指纹采集机构进行采集，如上海、广州、北京等城市。
选择指纹采集机构时，建议根据具体需求和情况选择官方或专业的机构，以确保指纹采集和鉴定的准确性和权威性。