水利基金的计算方法如下：
水利基金是用于水利建设的专项资金，由中央水利建设基金和地方水利建设基金组成。中央水利建设基金主要用于关系国民经济和社会发展全局的大江大河重点工程的维护和建设。地方水利建设基金主要用于城市防洪及中小河流、湖泊的治理、维护和建设。
水利建设基金应按照收入的0.1%来计提和交纳。2012年度湖南按销售收入的0.06%来计提和交纳。哪些企业可以免征水利建设基金？未达到增值税起征点的生产经营单位和个体工商户不用缴费。
水利建设基金计算方式是按上月销售收入或营业收入的1‰计征。水利建设基金是用于水利建设的专项资金，由中央水利建设基金和地方水利建设基金组成。跨流域、跨省（自治区、直辖市）的重大水利建设工程和跨国河流、国界河流我方重点防护工程的治理费用由中央和地方共同负担。
建议：
具体的水利基金计算方法可能会因地区和政策的不同而有所调整。建议企业根据所在地的具体政策来确定缴纳比例和方式。