工程完工后结算工程款的方式有以下几种：
实行旬末或月中预支，月终结算，竣工后清算的方法。跨年度竣工的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。
建设项目或单项工程全部建筑安装工程建设期在12个月以内，或者工程承包价值在100万元以下的，可以实行工程价款每月月中预支，竣工后一次结算。
当年开工，当年不能竣工的单项工程或单位工程按照工程形象进度，划分不同阶段进行结算。
在工程合同中，将承包工程的内容分解成不同的控制界面，以业主验收控制界面作为支付工程款的前提条件。施工单位完成单元工程内容并经业主验收后，业主支付构成单元工程内容的工程价款。
在固定总价合同中，如果业主不改变合同施工的内容，结算价款就是合同约定的价款。如果协商不成，可以参照合同约定标准对变更部分予以结算，如果合同中没有可参照的标准，可以参照工程所在地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算。
如果建设工程施工合同约定工程价款实行固定总价结算，但在未全部完成施工即终止履行，且已施工部分工程质量合格，那么可以采用“价款比例法”进行结算。具体方法是：由鉴定机构根据工程所在地的建设工程定额及相关配套文件确定已完工程占整个工程的比例，再用合同约定的固定总价乘以该比例确定发包人应付的工程价款。
建设工程竣工后，发包人应该签字确认竣工结算资料，按照规定交至审计部门进行审计，发包人确认竣工结算报告后通知经办银行向承包人支付工程竣工结算价款。
建议根据工程的具体情况选择合适的结算方式，并在合同中明确约定结算条款，以确保双方权益。